合併症の危険性が高くなるので難しい場合が多くなりますが、以前に放射線治療を受けた病巣と、治療を受けたい病巣が異なる場合は受けることができる可能性があります。

治療が適しているかどうかは、専門医による詳細な検討が必要になります。まずは、がんと診断した病院の医師に相談してみましょう。その後、セカンドオピニオンや電話相談を受け付けている施設に相談しましょう。セカンドオピニオンを受ける際は紹介状が必要になります。また、電話相談の場合、紹介状は必要ありませんが、病気の詳細を説明する必要があるので担当医より必要資料をもらいましょう。

治療をうけるためには、これまでの検査結果や治療経過などについて記載した紹介状（診療情報提供書）を重粒子線または陽子線を実施している施設へ提出する必要があります。こちらの紹介状はがんと診断した主治医にもらいます。

病巣をピンポイントで照射するための準備期間に１〜数ヶ月の準備期間が必要です。治療日数は病状により異なり、概ね1〜8週間程度です。

施設によって異なり、原則入院して治療を行うところと、通院で治療できるところがあります。また、合併している病気の治療をする必要がある場合は近隣の病院へ入院しそこから施設へ通うこともあります。

重粒子線・陽子線の治療は照射時間は数分程度ですが、位置を正確に合わせる必要があるため、一回の治療時間は30分程度です。

治療中に痛みを感じることはありません。

X線を使用した治療に比べて正常細胞へのダメージは少ないですが、合併症や副作用が全く無いわけではありません。
照射早期に現れる合併症としては照射部位の皮膚が赤くなったり、口腔に照射した場合は口内炎になったりします。治療後半年以降に現れるものとしては、消化管に照射した場合は潰瘍や穿孔が認められたり、前立腺に照射した場合には直腸出血が起きたるすることがあります。そのほか照射部位によって様々な副作用が起こる可能性があるため治療前には医師から十分に説明を受けましょう。

重粒子線・陽子線を実施している施設によって、治療できるがんの種類に違いがあります。どのがんを治療対象にしているかは各施設のサイトへ公開されています。また、施設によっては、手術や化学療法と組み合わせた治療などについて臨床試験している場合があります。